厉害了，液体活体！cfDNA伴随诊断成功案例分析

以前奏

早先，Grail将要入股10亿美元计划召募7000初诊肝癌和3000 身体健康老年人，共同努力血检中后期确诊标记物的开发[1]。血液扫描要爆发了吗？从关键技术充其量和浏览的角度冷笑话一下黏性组织学的重大突破和大环境。抛砖引玉。正文黏性组织学与基本上民间组织组织学的优劣势相比较以前年初参加黏性组织学内阁会议的时候，还觉得它离也就是说广泛应用还远，FDA的手册也含糊其词。一年多依然，现在有多款黏性组织学随之而来确诊厂家获FDA批准，或现在取得都有外科资料，将要审报了。黏性(小鼠) 组织学的其发展真是可以用日新翌年异来形容。黏性组织学主要包括血液中都的循环细胞膜（circulating tumor cells，CTCs)， cell-free DNAs (cfDNA)， 外泌体（exosome）等。CTCs 火了几年，在2013年到达极低峰后发掘成广泛应用有许多限于，被随之崛起的cfDNA取代。外泌体发掘成还相比较新，虽然其发展随之，但离广泛应用还有距离。这里主要提问cfDNA的重大突破，主要是随之而来确诊和抑制剂实时方面的广泛应用。血检与民间组织扫描相比竞争者在于：简便，并能，即时，价格便宜，外科。更为不可或缺的是，血检并不需要挽救许多民间组织电子束正因如此 (when tissue is an issue)，或民间组织电子束总数、能量密度不极低的病患获得催化反应疗法，或参与外科研究的期望。比如，进行时超过30，000外科试验的Guardant Health新闻报道，血检方法有挽救了极低50.2%的外科病患的催化反应等位性状性状的资料，这些病患要么民间组织电子束正因如此，要么电子束能量密度不极低，并未扫描到DEHP等位性状。不是所有细胞膜都会将等位性状的散落DNA被囚到血液中都，有所不同多样的的血检检成百余人也不恰当。据Guardant Health的新闻报道，肝癌检成百余人最极低，左右为92%，非小细胞膜膀胱癌89%，最较极低的胶质母细胞膜瘤检成百余人只有57%。这是血检的最大的一般来说硬伤之一。也是民间组织组织学永远都有价值的依据所在 (仍旧是金规格)。小鼠cfDNA扫描还有许多其它挑战性诱因，比如：· DNA片段小，50-200 bp（峰值165 bp）。· 半衰期粗，30 分钟，便稳固。· 较极低摄取/同位素：较极低nM/mL 小鼠。· 随着治果的增加，DNA百分比大幅减少。· 正常细胞膜DNA的废料。血检在非小细胞膜膀胱癌的广泛应用随着关键技术的急剧进步，血检现在取得巨大的失败。血检重大突破最慢和最开花结果的也是有着最迫切供给的是膀胱癌催化反应疗法的随之而来确诊。膀胱癌病童多，平均寿命极低，催化反应抑制剂研发重大突破快。同时膀胱癌民间组织取样困难，危险，容易诱发并发症。膀胱癌外科医生和病患对血检的供给是最务实的。膀胱癌血检重大突破最慢的是EGFR寻常等位性状的扫描。EGFR等位性状在欧美国家老年人占非小细胞膜膀胱癌的15%以上，是个相比较多的病患老年人。在国际上百分比极低25%以上。FDA本年现在批准了Roche的cobas血检试剂盒用以三线EGFR等位性状的半胱氨酸腺苷催化反应随之而来确诊 (2016-6-1)，以及三线三代AZD9291（TAGRISSO）的随之而来确诊 (2016-9-28)。根据现在刊出的EGFR T790M阳性病患的资料，民间组织组织学取得的外科试验资料总体这样的话百余人（ORR）为62%，无重大突破生存期（PFS）为9.7个翌年，血检的ORR为63%，PFS为9.7翌年。二者资料更为吻合[2]。血检与民间组织组织学正确性也很极低。许多其它的该公司厂家中都都都有EGFR的等位性状扫描。部分物化血检试剂盒汇总阿斯利康 (AZD) 花费了大量的精力来扫描三代AZD9291的获得性病毒性等位性状功能，最近的报告资料显示左右有20%的病毒性等位性状由C797S等位性状组成 (100 同上病患资料)，即等位性状了AZD9291的共价键结合位点。这个百分比比以以前的新闻报道要较极低[3]。期待后续的民间组织组织学资料新闻报道，可以相比较二者的正确性。其它的等位性状多为零散分布。同时，AZD也在扫描内在 (原发) 等位性状功能，更为多的资料在翌年内的AACR上应该有更为新。至于用NGS多第一组(panel) 扫描，Guardant Health 在推成Guardant 360后，又再进一步推成Guardian 500+， 与多个大型制药该公司共同开发，用以外科扫描，筛选潜在的系统性等位性状性状。这与NCI正在进行时的伞式（umbrella）和篮式（basket）外科试验的尽可能是吻合的。即大规模筛选病患老年人的可催化反应等位性状，推进，加速催化反应抑制剂的可用和开发多线程。当然，第一组也不是越大越好，如果入选的等位性状性状不是转子DEHP等位性状，或者不可催化反应，不能对治疗提供确诊意义，意义或许不小，徒增成本。NGS panel与PCR方法有相比，代表了预见更为先进的关键技术。当以前，浏览用有所不同该公司的厂家得成的结果差异性还很大[4]。AZD的转化部门的VP Carl Barrett 甚至给成了几种主流厂家20%吻合百余人的值，引人大掉下巴。Barrett提到，正在用物化的小鼠和民间组织电子束来相比较有所不同该公司的厂家的耐用性，结果可能在翌年内AACR年会前公布。看来，相比PCR的方法有，NGS在血检上还需要再进一步在此期间再进一步提极低寻常性和正确性。从孟山都公布的ALK 融合等位性状3代ALK抑制剂Lorlatinib的小鼠cfDNA ALK等位性状外科资料，我们并不需要取得哪些感兴趣的资料呢？他们用的是BEAMing dPCR 的方法有[5]。显著感到作者对方法有的优点更为不悦，因为ALK的病毒性等位性状多样较多，得随着外科重大突破急剧调整PCRPCR和反应会条件。从38同上病患的小鼠cfDNA中都，扫描到有14同上病患有ALK病毒性等位性状。这个百分比与以以前新闻报道的民间组织扫描资料更为。同时，ALK的等位性状多样，百分比分布模式也与以以前的新闻报道类似。小鼠组织学与以以前的民间组织组织学相比，并不需要扫描到更为丰富的路径。等位性状的异质性再次取得可验证。以以前民间组织核对的结果，多数病毒性等位性状为ALK举例来说等位性状，只有个别是双等位性状。但小鼠扫描到的结果则显示，有一半的病患的ALK病毒性等位性状等于或多于2个等位性状，最多的有4个等位性状。Lorlatinib的ALK活性大幅再进一步提极低，比从以前ALK抑制剂Crizotinib的活性再进一步提极低了20-50倍，外科以前资料表明，它并不需要克服依然所有的ALK病毒性等位性状，引人注意对门控等位性状L1196M有极极低的活性。但无关紧要地是，在所有都有L1196M的六同上等位性状病患中都，有三同上属于有效地反应会，另外三同上效果不佳。根据以以前的新闻报道，效果不佳的病患，有很大的可能性是由于Src活性增加造成的内在抗药功能叠加引致的[6]。Src磷酸化活性增加难以用性状扫描的方法有观察到，只能借助受体组学的资料。这也从上部反映成性状扫描不是万能的，还要与其它有效地的方法有独有，表征。Lorlatinib的ALK病毒性等位性状有一同上新闻报道，即L1198F[7]。（小鼠组织学的结果中都还并未发掘成同样的等位性状）这个新的病毒性等位性状不能被二代ALK抑制剂克服，却对从以前ALK抑制剂Crizotinib极其寻常，从而形成一个良性循环 (loop) 服用选择，把恶性转化成可控制的心理疾病。这应该是在发掘成最终治愈方式之以前我们对催化反应疗法期望中都理想的“小尽可能”了。血检在结直肠癌、大肠癌上的广泛应用除了膀胱癌，中后期白血病结直肠癌（mCRC）是血检其发展较快的。即KRAS等位性状的扫描。它不是用以KRAS本身的催化反应（还并未有效地的直接催化反应抑制剂，抑制剂化学家加油！），而是用来指导工作EGFR致病服用 (如cetuximab)，即有RAS野生型的病患对EGFR致病有效地，KRAS等位性状的病患效果不显着。德国的Merck在这个斜向最务实。与Sysmex共同开发开发OncoBEAM扫描仪器用以KRAS外科随之而来扫描，与民间组织组织学的正确性达到>92%[8]。与Biocartis共同开发开发傻瓜型确诊一体化仪器（研究用）。只要把1mL小鼠加入到扫描仪器中都，130 分钟后自动成结果。号称10岁的小孩就可以操作。除了随之而来确诊，KRAS血检还可以用以抑制剂治果，指导工作服用，停药同意。如有新闻报道的病同上，EGFR致病可用造成野生型的RAS发生等位性状，疾病重大突破后建议停止可用EGFR致病，并可用其它治疗方法有，等KRAS等位性状扫描呈比如说后，可以在此期间可用EGFR致病。这些简便，灵敏，对病患友好的RAS等位性状状态的动态出现异常，正是血检的竞争者所在，受到医生病患的务实响应。虽然KRAS等位性状在非小细胞膜膀胱癌中都占的百分比极低25%以上，但由于并未有效地的直接催化反应KRAS的抑制剂可以可用，所以KRAS等位性状资料在膀胱癌病患中都对治疗的指导工作意义当以前还很极少，好在免疫疗法对KRAS等位性状这样的话百余人还优异。早先在EORTC-NCI-AACR内阁会议上新闻报道的大肠癌（GISTs）的一期外科操作过程中都，完美地广泛应用了黏性组织学的方式，cKIT和PDGFR的病毒性等位性状动态变化。Imatinib（Gleevec）在CML有着耐久神药的称号，但在在大肠的催化反应等位性状上，却很快就产生了病毒性等位性状。BLU-285和DCC-2618就是设计成来的二代，用来克服从以前的病毒性等位性状。常规血样黏性组织学并不需要及时，精确的外科抑制剂的可用效果[9]。看来，在此之后催化反应病毒性外科试验的黏性组织学有逐渐要带进规格扫描之一的倾向。血检cfDNA的其它广泛应用大环境随着cfDNA关键技术的急剧进步和开花结果，用常规血液cfDNA电子束来大规模乳癌罕见转子DEHP等位性状获得了不太好的期望，比如TRKA， B， C 融合等位性状在依然大多数类型中都都有表达出来，但百分比都不极低[10]。这样，即使有不太好的TRK催化反应抑制剂，因为病童召募更为困难，新药开发重大突破平稳。如果常规血检panel并不需要取得推广，新药外科开发可以大大提速。其它的同上子禽兽在非小细胞膜膀胱癌，c-RET的融合等位性状有1-2%，c-MET 外显子14拉伸等位性状在膀胱癌有2-4%等，都是转子DEHP等位性状，却因为病童总数相对较少，不堪重负以致于了催化反应抑制剂外科开发重大突破与获批[11]。肺癌中都的PIK3CA 等位性状，黑素瘤中都的BRAF（V600E）也是黏性血检的研究热点。用小鼠cfDNA的方式来扫描性状的过多表达出来还更为困难。很多时候，cfDNA的表达出来量与民间组织相应受体表达出来摄取不远大于。像肺癌的HER2扫描可能还要更为多的依赖于基本上民间组织扫描方式。至于许多其他的类型，引人注意是DEHP等位性状性状不恰当，催化反应抑制剂缺乏的情况下，血检的不可或缺性和迫切性还不是很显著。随着免疫疗法外科资料的急剧积聚，大规模的NGS血检资料也许可以辅助预判致病会的概百余人，用来指导工作潜在的服用第一组。这应该是较为遥远的尽可能。之以前，最具社会价值的广泛应用之一是肝癌引人注意是膀胱癌的中后期确诊了。膀胱癌总体5年生存百余人只有18%。如果并不需要中后期发掘成，一期的五年生存百余人极低45-49%，二期也有30%。三期14%，四期只有1% (美国肝癌投资公司会网站总和，2000年的少有的中后期资料，现在膀胱癌中后期生存百余人应该再进一步提极低了很多，见[11])。由于膀胱癌属于看不见，摸不着的类型，同时中后期病症时病因也不显著，致使多数病患确诊时已是中后期。黏性血检中后期确诊还处在起步阶段，也是Grail要努力的斜向。当然，泼冷水的也大有人在，批评他们好极低骛远，搞极低大上全， 不如来点实在的[1]。我觉得这是一个有大环境的斜向，引人注意没人慈善投资公司入股。